Полногеномный анализ, моделирование и симуляция кластерных мутационных признаков в раковых клетках

Полногеномный анализ, моделирование и симуляция кластерных мутационных признаков в раковых клетках

ИРН AP09260233

  1. Актуальность

В грядущую эру персонализированной геномной медицины молекулярные данные для каждого пациента производят огромные объемы цифровых данных, создавая сложные задачи для компьютерной обработки и анализа. Настоящий проект направлен на изучение кластерных мутаций в раках, включая изучение мутаций, связанных с дефицитом репарации ДНК.

  1. Цель

Этот проект направлен на характеризацию паттернов раковых мутаций и включает три взаимодополняющие цели: (i) анализ полногеномных данных раковых мутаций, (ii) новый пакет программного обеспечения для анализа и моделирования кластерных мутаций, (iii) новые человеческие клеточные линии для экспериментальных исследований мутагенеза.

  1. Ожидаемые и достигнутые результаты
  2. Программный пакет для анализа и моделирования кластерных мутаций.
  3. Наборы полногеномных данных о раке из наших исследований.
  4. Линии клеток человека, сверх-экспрессирующие белок репарации ДНК
  5. Два аспиранта Назарбаев Университета завершат свои диссертационные работы на основе этого исследования.
  6. Научные результаты будут опубликованы в профессиональных журналах, согласно требованиям гранта:
  7. Исследовательская группа

Руководитель проекта: Б.Т. Маткаримов

https://publons.com/researcher/2692501/bakhyt-t-matkarimov/

Д. Бегимбетова https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=17433295400

Е. Байкен, PhD студент НУ

https://scholar.google.com/citations?user=PsBDw9gAAAAJ

З. Рамазанова, PhD студент НУ

https://scholar.google.com/citations?user=pb5jc4oAAAAJ

  1. Список публикаций
  2. Andrey A. Yurchenko, Ismael Padioleau, Bakhyt T. Matkarimov, Jean Soulier, Alain Sarasin, Sergey Nikolaev. XPC deficiency increases risk of hematologic malignancies through mutator phenotype and characteristic mutational signature. Nature Communications, 2020, Volume 11, Article number 5834
  3. Yeldar Baiken, Damira Kanayeva, Sabira Taipakova, Regina Groisman, Alexander ISHCHENKO, Dinara Begimbetova, Bakhyt Matkarimov and Murat Saparbaev. Role of base excision repair pathway in the processing of complex DNA damage generated by oxidative stress and anticancer drugs. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, vol. 8, article number 617884.
  4. Y Baiken, D Kanayeva, A Zhulamanova, B Matkarimov, R Groisman, M Saparbaev. Study of the role human NEIL3 DNA glycosylase in the repair of cisplatin DNA damage in HeLa S3 cells. FEBS OPEN BIO, 2021, vol. 11 Supplement 1, pp. 419-419. Conference: 45th FEBS Congress, 3-8 July 2021, Ljubljana, Slovenia.