Определение микробиомных и геномных биомаркеров ревматоидного артрита в казахстанской популяции

«ОПРЕДЕЛЕНИЕ МИКРОБИОМНЫХ И ГЕНОМНЫХ БИОМАРКЕРОВ РЕВМАТОИДНОГО АРТРИТА В КАЗАХСТАНСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ»

ИРН АР08052703

Срок реализации: 2020-2022гг.


Актуальность:
Ревматоидный артрит (РА)- является хроническим, системным, воспалительным аутоиммунным заболеванием, вызывающее симметричный  эрозивный полиартрит как мелких так и крупных суставов , а так же характеризующее поражением различных внутренних органов и систем. Частота РА составляет 1% в мировой популяции . Заболевание в 3-5 раз чаще развивается среди лиц женского пола в возрасте 30-60 лет . В случае отсутствия своевременной диагностики и лечения данное заболевание в 40-70 % случаев приводит к инвалидизации в трудоспособном возрасте, а так же к летальному исходу в результате внесуставных поражений и осложнений. На сегодняшний день доказана взаимосвязь внешних и внутренних факторов риска в развитии данного заболевания. Большое внимание в науке на сегодняшний день уделено ведущим эндогенными факторам, а именно,  микробиому и генетической предрасположенности. Как известно, ЖКТ укрывает самый большой микробиом человека. Одна из других областей, имеющих микробные популяции, которая, как полагают, значительно влияет на иммунную систему человека,  считается полость рта , которая содержит более 700 видов бактерий, видовое  разнообразие которых практически не отличается от кишечного тракта. Полногеномные исследования (GWAS) привели к обнаружению более 100 локусов генетических биомаркеров главного комплекса гистосовместимости (MHC) и за пределами МНС. Так нерецепторная тирозин фосфатаза 22 типа (protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 22- PTPN22) определен, как наиболее статистически значимый биомаркер для  РА вне MHC в популяциях европейского происхождения. PADI4 (пептидил-аргинина деиминаза тип 4) согласно исследованиям имеет важную связь с РА в азиатских популяциях . Так же изучаются SNP других генов вне MHC такие, как CD40, BLK ,CTLA 4,PTPRC… Современные методы исследования, такие как секвенирование 16SРНК и RT PCR, а так же данные GWAS,  дают возможность широко изучить влияние данных факторов на развитие РА и тем самым расширить понимание о этиопатогенезе  и  улучшить своевременную диагностику данного заболевания. Данный проект является продолжением политики государства о необходимости укрепления здоровья нации, которое было озвучено в выступлениях первого президента РК Н.А.Назарбаева и в директивных документах государства. Предполагаемые результаты исследования помогут выявить новые биомаркеры заболевания путем исследования микробиома ротовой полости и проведения SNP анализа. Прогностически значимыми результатами будет улучшение качества жизни пациента – снижение инвалидизации, повышение уровня социализации и социальной активности пациентов с РА. Реализация исследования даст возможность разработать методику выявления группы риска.

Объектом исследования являются женщины в возрасте 30-55 лет, страдающие ревматоидным артритом.

Цель работы - изучение новых биомаркеров ревматоидного артрита на основе исследования микробиоценоза ротовой полости и SNP анализа, промежуточная цель - изучение особенностей клинического течения РА среди женщин.

Область применения результатов: практическое здравоохранение, врачи ревматологи, терапевты и врачи общей практики.

Ожидаемые результаты: Выявить  биомаркеры заболевания путем исследования микробиома ротовой полости и проведения SNP анализа.

Достигнутые результаты:

- Осуществлен рекрутинг основной (82 человек) и контрольной (118 человек) групп исследования.

- Осуществлен забор материала исследования в виде слюны и крови у всех участников исследования.

- Выделено ДНК из образцов.

- Проведен биоинформатический анализ микробиома ротовой полости. В результате которого были выявлены статистически значимые различия между основной и контрольной группой, на основе исследования  α и β -разнообразия на уровне OTU.  В результате таксономической идентификации бактериального сообщества были выявлены доминировавшие в основной группе бактерии: Prevotella, Leptotrichia, Prevotella, Neisseria, Porphyrominas, Veillionella, Granulicatella, Campylobacter, TM7x. В то время как в контрольной группе преобладали Kingella, Selenomonas, F0332, Phyllobacterium, Sphingomonas.

- Проведен SNP-анализ, который выявил статистически значимое преобладание HLA-DRB9 rs9268839 в основной группе в сравнении с контрольной группой исследования по кодоминантной, рецессивной и лог-адитивной моделях наследования . При стратификации по форме РА, было выявлено что у пациентов с  серопозитивной  формой РА преобладал SYNGR1 rs909685, в то время как у АЦЦП-позитивных пациентов с РА преобладали PADI4 rs2240340 и CTLA4.rs3087243. Так же был выявлен нуклеотид TAGAP.rs2451258, преобладавший у АЦЦП-негативных пациентов с РА.

Члены исследовательской группы:

ФИО

Участие в проекте

Ученая/академическая степень

ORCID

Scopus Authors ID

Researcher ID

Мейрамова Әсел Мерекеқызы

Руководитель

PhD

0000-0002-4030-0783

 57203120043

ABF-2449-2021

Кожахметов Самат Серикович

Исполнитель

к.б.н., ассоциированный профессор

0000-0001-9668-0327

57223210171

N-4128-2017

Чуленбаева Лаура

Исполнитель

PhD

0000-0002-8691-9485

57205369003

ABE-9582-2021

Ахметова Жанар Багдатовна

Исполнитель

к.м.н.

0000-0001-9220-5596

57200608966

Q-5374-2018

Нургожина Аяулым

Фадлатовна

 

Исполнитель

магистр наук

0000-0001-7042-4763

57207769556

-

Нургазиев Мадияр Асхатулы

Исполнитель

магистр биологии

0000-0003-2397-4978

57216501021

AAV-9220-2020

Исильбаева Аргуль Асетовна

Исполнитель

магистр медицины

0000-0002-7350-6083

57218655114

-