Лаборатория Геномной и Персонализированной Медицины

СЕРВИСЫ

 

Мы предоставляем возможности использования геномных технологий и услуги высокопроизводительного секвенирования исследователям и клиницистам Назарбаев Университета, а также внешним академическим и отраслевым ученым по всему Казахстану и за рубежом. Также мы предоставляем услуги в области молекулярной биологии.

Секвенирование и анализ генома/экзома/транскриптома/ таргетное  секвенирование.

Высококачественные услуги секвенирования генома, экзома и РНК нового поколения, а также помощь в извлечении информации из геномных данных. Мы можем помочь в проведении экспериментов ученым, преподавателям и исследователям на любом этапе от работы с образцами до биоинформатического анализа.

 

Наименование работ

Наименование услуги

Общая сумма по услуге (вкл.только реактивы)- 1 образец

Высокопроизводительное секвенирование/NGS полного генома (без биоинформатического анализа)

Подготовка библиотек

Валидация библиотек

Секвенирование (на 1 образец)

 

Высокопроизводительное секвенирование/NGS полного экзома человека (без биоинформатического анализа)

Подготовка библиотек

Валидация библиотек

Секвенирование (на 1 образец)

 

Высокопроизводительное секвенирование/NGS транскриптома (без биоинформатического анализа)  

 

Подготовка библиотек

Валидация библиотек

Секвенирование (на 1 образец)    

 

Выделение геномной ДНК из венозной крови из одного образца

Выделение геномной ДНК из венозной крови

 

ДНК секвенирование по Сэнгеру 1 реакция без этапа выделения ДНК и с праймерами заказчика

Секвенирование образца 150-700 п.н.

 

Установление биологического родства (отец-мать-ребенок)

Установление родства по анализу 24 локусов

 

Установление биологического родства - отцовства (отец-ребенок)

Установление родства по анализу 24 локусов

 

Определение происхождения по отцовской линии (Y-хромосома)

Определение гаплогруппы по по анализу 27 локусов Y-хромосомы

 

Определение одного SNP полиморфизма гена методом ПЦР в режиме реального времени (Real-time PCR)

Определение одного SNP полиморфизма гена методом ПЦР в режиме реального времени (Real-time PCR), кол-во SNP определяется по запросу

 

Биоинформатический анализ полного генома

 

 

Биоинформатический анализ полного экзома

 

 

Биоинформатический анализ транскриптома

 

 

В Лаборатории работают высококвалифицированные специалисты (врачи, биологи, генетики, молекулярные биологи, биотехнологи и др.), сертифицированные на работе в области геномных технологий с использованием самых современных платформ секвенирования нового (второго и третьего поколения) – Illumina NovaSeq6000, Oxford Nanopore PromethION48.

Кроме того, в NLA функционирует Лаборатория биоинформатики и системной вычислительной биологии, создана школа биоинформатиков. Биоинформатики проводят биоинформатический анализ массивов данных секвенирования, сборку геномов, аннотацию и другие.

Геномная платформа Назарбаев Университета оснащена самым современным оборудованием, имеется собственный сервер и кластер для анализа и хранения массивов данных.

Список отдельных единиц оборудования представлен ниже в таблице.

Список оборудования 

Вид оборудования, прибора, инвентаря

Назначение оборудования,  прибора, инвентаря

Модель
и год
выпуска

Высокопроизводительная Платформа секвенирования нового поколения, NGS

Полногеномное и таргетное секвенирование Полные геномы/экзомы/ транскриптомы

Illumina NovaSeq 6000, 2020

Платформа секвенирования нового поколения, ТGS

Нанопоровый, длинные фрагменты

Полногеномное и таргетное секвенирование Полные геномы/экзомы/ транскриптомы,

Структурные варианты, de novo секвенирование

Oxford Nanopore technologies,

PromethION 48, 2020

Платформа секвенирования нового поколения, NGS

Полногеномное и таргетное секвенирование

Illumina HiSeq2000, 2013

Платформа секвенирования нового поколения, NGS

Полногеномное и таргетное секвенирование

Illumina MiSeq, 2015 

Генетический анализатор 96-капиллярный

Секвенирование отдельных участков генов методом Сэнгера

3730xl DNA Analyzer, 2012 

Генетический анализатор 8-капиллярный

Секвенирование отдельных участков генов c методом фрагментного анализа

3500 HID Genetic Analyzer, 2015 

Автоматическая система пробоподготовки

Подготовка библиотек для секвенирования

PerkinElmer Janus NGS Express, 2015 

Бионализатор

Фрагментный анализ нуклеиновых кислот

Bioanalyzer-2100, Agilent technologies, 2012

Микрочиповый анализатор нуклеиновых кислот и белков

Высокоточный анализ белков и нуклеиновых кислот

PerkinElmer LabChip Touch 24, 2015 

Спектрофотометр

Для количественной оценки ДНК

NanoDrop 2000c, 2012 

ПЦР амплификатор

Проведение полимеразной цепной реакции

Eppendorf

Mastercycler Pro S, 2012

Система количественной ПЦР в реальном времени

Проведение количественной ПЦР в реальном времени

7900 Fast Real Time System, Applied Biosystems, 2013

Система гель-документирования

Качественная оценка ДНК, анализ гелей

BioRad GelDoc, 2012

Биоинформатический вычислительный кластер

Q-Symphony

Биоинформатический анализ полных геномов / транскриптомов / экзомов / метиломов большой выборки образцов. Применение ресурсозатратных математических и биоинформатических методов для анализа «мульти-омных» данных большой размерности.

HPE cluster 2018 (7.665 TFLOPS, Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2667 v4 @ 3.20GHz 128 cores,

Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2699 v4 @ 2.20GHz 44 cores,

3 Tb RAM,

186 Tb storage, RHEL)

Малый Биоинформати-ческий вычислительный кластер DELL

Биоинформатический анализ полных геномов / транскриптомов / экзомов небольшой выборки образцов

Dell PowerEdge Cluster (AMD Opteron Processor 6212 2.6 GHz (32 Cores), 128 Gb RAM, 20 Tb RAID, RHEL), 2014

Биоинформатический вычислительный сервер

HP

Биоинформатический анализ единичных  образцов полных геномов / транскриптомов, либо небольшой выборки геномов бактерий.

Hewlett Packard Z800 (2х Intel Xeon 5687 3.6 Ghz (16 Cores), 48 Gb RAM, 4 Tb RAID, CentOS), 2014

Биоинформатический вычислительный сервер на базе Windows

Биоинформатический анализ высокоплотных раковых микрочипов, работа в среде Matlab, а также применение и  разработка биоинформатических приложений на базе Windows-платформы.

DELL T430 computing server (2х Intel Xeon 2698 3.6 Ghz (32 Cores), 32 Gb RAM, 2 Tb RAID, Windows Server 2012), 2015

Высокопроизводительная рабочая станция

Вычислительная рабочая станция для визуализации многомерных данных, анализ и отработка биоинформатических скриптов

Hewlett Packard Z640 (2x Xeon E5-2620, 2.4 Ghz (24 Cores), 32 Gb RAM, 1 Tb RAID, Nvidia Quadro K620, Win7/CentOS), 2016

Сетевая система хранения данных

Архивный сервер для хранения, шифрования геномной информации и удаленного доступа к данным

Synology Network Data Storage System (35 Tb), 2015

Высокопроизводительная рабочая станция

Вычислительная рабочая станция для визуализации многомерных данных, анализ и отработка биоинформатических скриптов

Fujitsu Celsius w580 (Intel® Xeon® CPU E-2174G 8 cores, 32 Gb RAM, 1 Tb, Nvidia Quadro P400, Win10), 2019

Pages: 1 2 3